Фамилия Санжапов происходит от личного имени Санжап, которое у тюркских и мусульманских народов бытовало в двух ипостасях. Чаще всего его возводят к персидскому имени Санджап, что значит «белка». Такое имя давали младенцу, чтобы природа приняла ребёнка как своего и передала ему ловкость, хозяйственность и подвижность этого зверька. По другой версии, в основе лежит тюркский корень «санжап» в значении «порядок, распорядок», и тогда имя подчёркивало пожелание размеренной, устроенной жизни.

Суффикс -ов в фамилии указывает на классическую русскую модель образования от отчества: Санжапов — сын Санжапа. Такая схема закрепилась у многих народов Поволжья, Урала и Средней Азии, когда русская администрация фиксировала имена инородцев по отцу. Сама фамилия встречается преимущественно у татар, башкир и казахов, а её написание с буквой «ж» — результат адаптации звука, который в тюркских языках произносится мягче.

Интересно, что имя Санжап не получило широкого распространения, поэтому и фамилия осталась сравнительно редкой. Встречаются варианты Санджапов — с сохранением персидского «д» — и Санжафов, где конечный согласный оглушается. Если придерживаться первой версии, то фамилия Санжапов стоит в одном ряду с такими «звериными» фамилиями, как Барсуков, Зайцев или Белкин, но с тем отличием, что её основа пришла из восточной ономастики, а не из русских прозвищ.