Фамилия Санжаков в первой версии своего происхождения связана с прозвищем Санжак, которое могло указывать на человека, имевшего отношение к военной или административной структуре Османской империи. Турецкое слово «санджак» означало одновременно и «знамя», и административный округ, что делало его символически важным. В этом контексте прозвище Санжак могло закрепиться за военачальником, державшим знамя, или за чиновником, управлявшим такой территорией. Косвенное подтверждение тому находим у Сергея Соловьева в «Истории России с древнейших времен», где упоминаются «санжаки турецкие» в дипломатической переписке — речь шла о знаменах, которые отпускали вместе с послами. Отсюда возникает версия, что предок Санжаковых мог быть послом, которому доверяли нести священную эмблему, либо военным на руководящем посту.

Однако есть и вторая, более личная версия: именование Санжак могло произойти от тюркского имени Санжи, которое переводится как «совершенный победитель», «торжествующий», «победоносный». Такое имя нередко давали с пожеланием будущих военных успехов, так что прозвище Санжак могло закрепиться за человеком, оправдавшим это ожидание. Обе гипотезы имеют право на существование, но первая выглядит правдоподобнее: она опирается на конкретный исторический термин, который был широко распространен в тюркской среде, тогда как имя Санжи встречается реже.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели: к основе Санжак прибавлен патронимический суффикс -ов, что указывает на сына или потомка человека по прозвищу Санжак. Такая словообразовательная схема типична для русских фамилий, образованных от тюркских корней, — она не меняет исходного звучания и легко встраивается в русскую грамматику.

В документах начала XX века встречаются реальные носители фамилии: Санжаков Александр Михайлович, родившийся в 1925 году в Курской области в селе Груни, Санжаков Ефим Алексеевич, родившийся в 1915 году в поселке Южный той же области, и Санжаков Тимофей Федорович, родившийся в 1890 году и записанный украинцем. Эти записи показывают, что фамилия бытовала в южнорусских и украинских землях, где тюркское влияние ощущалось особенно сильно. Впрочем, точных данных о сословной принадлежности предков нет, и строить догадки на этот счет не стоит — ясно лишь, что фамилия не была редкой и встречалась в разных слоях населения.