Фамилия Сапоненко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Софоний. Сапон — это просторечная форма крестильного мужского имени Софоний, которое в переводе с древнееврейского — «спрятанный богом». Поэтому Сапоненко буквально понималось как «сын Сапона».