Основой фамилии Сапонова послужило церковное имя Софония. Предположительно, имя Сапон является народным вариантом канонического мужского имени Софония (Софонтий), которое в переводе с древнееврейского на русский язык означает «Бог скрыл (защитил)». Скорее всего, основатель рода Сапоновых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сапон, со временем получил фамилию Сапонова.