Фамилия Селезненко принадлежит к распространённому на востоке Украины типу фамилий на -енко. Эта модель, означавшая в XVI–XVII веках «сын такого-то» или «маленький, молодой», со временем закрепилась как наследственная. В основе фамилии лежит прозвище или мирское имя Селезень. В русских говорах селезнем называют самца утки. Прозвище могли дать по внешнему сходству — например, за яркую, заметную одежду (селезень окрашен пёстро) или за характерную походку вразвалку. Реже — по охотничьему промыслу или за привычку «плавать» в делах, то есть быть ловким и увёртливым.

Суффикс -енко в фамилии Селезненко стоит в позиции после основы, оканчивающейся на мягкий согласный [н']. В украинской ономастике это обычное явление: если основа прозвища заканчивалась на -ень (Селезень), то при добавлении -енко конечный мягкий знак отпадает, но мягкость корня сохраняется на письме. Поэтому мы видим Селезненко, а не, скажем, Селезененко. Такая же модель работает в фамилиях Гузенко (от гузь — задняя часть) или Довженко (от довгий — длинный).

Географически фамилия наиболее плотно представлена в Сумской, Полтавской и Харьковской областях. В России встречается реже, преимущественно в областях, граничащих с Украиной, — Курской, Белгородской, Воронежской. Это объясняется тем, что массовое оформление фамилий на -енко происходило в казацкой среде Левобережной Украины, а затем вместе с переселенцами распространилось на юг и восток.

В отличие от фамилии Селезнёв (с суффиксом -ев, типичным для великорусских территорий), Селезненко указывает на украинское происхождение носителя. Оба варианта имеют общий корень, но разные модели образования: первая — притяжательная («чей?» — селезнев), вторая — патронимическая («чей сын?» — селезненко). В документах XVIII–XIX веков можно встретить и промежуточный вариант — Селезнёвенко, который со временем сократился до современной формы.