Фамилия Селиваникова — женская форма, а её мужской вариант, Селиваников, образован по одной из самых продуктивных в русском языке моделей: от основы через суффикс -ов. В основе лежит прозвище или мирское имя Селиван, которое, скорее всего, восходит к церковному имени Силуан (лат. Silvanus — «лесной», от silva — «лес»). В народной речи имя Силуан нередко превращалось в Селиван — так звучало привычнее для русского уха.

Суффикс -ик в основе Селиваник- указывает на уменьшительную или уничижительную форму исходного имени. То есть Селиваник — это «маленький Селиван» или, в более бытовом смысле, «сын Селивана». Такой суффикс часто добавляли к именам, чтобы подчеркнуть не столько возраст, сколько родственную связь: Селиваник — тот, кто относится к Селивану. Затем к этому прозвищу прибавили стандартный патронимический суффикс -ов, и получилась фамилия в значении «принадлежащий Селиванику».

Фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в бывших вотчинах, где было сильно влияние крестьянских и казачьих фамилий. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии Селиваниковы фиксируются как крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи. Селиваникова — не дворянская фамилия, её корни уходят в среду, где имя давали не по святцам, а по семейному прозвищу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Селиванов, Селивановский — показывает, что Селиваников стоит ближе к народной, «огрублённой» форме. Если Селиванов — прямая патронимическая фамилия от имени Селиван, то Селиваников — двойное производное: сначала уменьшительное, потом отчество. Такая словообразовательная цепочка встречается реже, что делает фамилию более уникальной среди прочих «селивановских» вариантов.