Фамилия Семенцына — редкий случай, когда женская форма закрепилась в официальном обиходе как основная, а мужская (Семенцын) практически не встречается. Это сразу указывает на особенность происхождения: скорее всего, фамилия образована не от имени отца, а от прозвища матери или от названия хозяйства, где главой числилась женщина. По модели это типичный «-ин» суффикс, но с необычной основой.

Корень — «Семен-», восходящий к каноническому имени Симеон (в народной форме Семён). Однако суффикс «-цын» (а не «-ов») говорит о том, что основа — не просто имя, а отчество или прозвище на «-ца». В русских говорах «Семенец» — это либо «сын Семёна» (уменьшительно-ласкательная форма), либо человек, носящий имя Семён с оттенком принадлежности. Но «Семенцына» — уже форма родительного падежа, указывающая на женщину: «чьей будешь?» — «Семенцыной», то есть дочери или жены Семенца.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде, где активно бытовала «уличная» или «дворовая» номинация: женщину, вдову или хозяйку дома, называли по мужу или отцу. Если главу семьи звали Семенец, то его жену или дочь в документах могли записать как «Семенцына». Со временем это прозвище перешло в наследственную фамилию, не изменив форму. Такое встречается в северных и центральных губерниях России, где женские фамилии на «-ина» нередко становились родовыми.

Сравните с однокоренными: Семенцов, Семенцев, Семенчук — все они образованы от имени Семён, но через разные суффиксы. «Семенцына» стоит особняком: в ней нет «-ов» или «-ев», что указывает на более позднюю фиксацию или на запись «со слуха» в метрических книгах. Возможно, исходная форма была «Семенцын», но в речи ударение на последний слог исказило написание, или же носительницы фамилии сами настояли на женском варианте при переписи.

Географически фамилия привязана к центральным областям России (Тверская, Ярославская, Московская губернии), где суффикс «-цын» встречается чаще, чем на юге. Встречаемость крайне низкая: по данным современных справочников, Семенцыных — не более нескольких сотен человек, и почти все они женщины. Это не делает фамилию «менее интересной» (как любят писать в шаблонных статьях), но объясняет, почему в поиске по фамилии вы почти не найдёте мужчин: мужская форма просто не прижилась как самостоятельная.