Фамилия Семоев — редкий пример, где корень почти наверняка указывает на имя, но не на крестильное, а на мирское, дохристианское. Основа «Сем-» в русских фамилиях обычно отсылает к Семёну (от древнееврейского «Симеон» — «услышанный Богом»), но здесь работает другой механизм. Суффикс «-оев» — это не опечатка и не вариант «-ов». Он указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на «-ой»: Семой. В старой русской традиции «Семой» — это «седьмой». Так могли назвать седьмого ребёнка в семье, причём имя давалось не в крещении, а в быту, как оберег или порядковый номер.

Если смотреть на словообразовательную модель, то Семоев буквально означает «чей?» — сын Семого. Фамилия образована по самой массовой русской модели: отчество на «-ов» (в данном случае через вариант «-оев» из-за окончания основы). Редкость корня в том, что порядковые числительные в качестве личных имён (Первой, Второй, Третьяк, Шестак, Семой) были распространены в русских деревнях вплоть до XVII–XVIII веков, но фамилии от них сохранились далеко не все. Семоев стоит в одном ряду с фамилиями Семаев, Семиков, Семаков, но по смыслу он ближе к Шестакову или Третьякову — прямым потомкам «номерных» имён.

Географически фамилия тяготеет к северным и поволжским регионам, где дольше держалась традиция мирских имён. Встречается она в основном в Архангельской, Вологодской и Кировской областях, а также в Чувашии и Татарстане — там, где русское население веками соседствовало с финно-угорскими и тюркскими народами. В этих местах порядковые имена давали не только из-за числа детей, но и как оберег от злых духов: считалось, что «Семой» обманет нечистую силу, которая якобы охотится за «первыми» и «любимыми».

Сословного барьера у фамилии не было. Семоевы могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и даже священниками (в духовном сословии тоже встречались прозвища по порядку рождения). Дворянских родов Семоевых не зафиксировано — это фамилия простого человека, у которого предок был седьмым сыном и получил соответствующее бытовое имя.