Фамилия Сеньковец необычна тем, что в ней соединились два разных способа образования русских фамилий. С одной стороны, в её основе лежит имя Сенька — уменьшительная форма от Семён (в крещении Симеон). С другой — суффикс -ец, который обычно встречается в украинских и белорусских фамилиях (как Ковалец, Шевченко, Гриневец). Такое сочетание указывает на то, что фамилия сложилась на территории современной Беларуси или западных областей России, где пересекались восточнославянские языковые традиции.

Суффикс -ец в этой модели выполнял роль патронимического показателя, то есть указывал на сына или потомка. Сеньковец — буквально «сын Сенька» или «потомок Сенька». Более ранняя форма могла звучать как Сенькович, но под влиянием местных говоров закрепился вариант на -ец. Интересно, что в русских фамилиях суффикс -ец чаще давал прозвища по месту жительства (Смоленец, Казанец), а здесь он работает как отчество.

Сам корень Сеньк- указывает на распространённое в XV–XVII веках имя Сенька, которое не было пренебрежительным — в то время это была обычная обиходная форма официального имени. Носитель фамилии Сеньковец, скорее всего, был потомком человека по имени Семён, жившего в сельской местности, где фамилии закрепились позже, чем в городах, — в XVIII–XIX веках.

Географически фамилия чаще всего встречается в Гродненской, Брестской и Минской областях Беларуси, а также в приграничных районах Польши. В России она редка и локализована в основном среди потомков переселенцев из западных губерний. Это типичная «западнорусская» фамилия, которая сохранила архаичную словообразовательную модель, почти исчезнувшую в центральной России.