Фамилия Шмыглина — женская форма фамилии Шмыглин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Шмыгла. В основе этого прозвища, скорее всего, лежит глагол «шмыгать» — то есть быстро двигаться, скользить, уклоняться, а также тереть, чистить. В русских говорах слово «шмыг» означало «быстрое, скользящее движение», а «шмыга» — человека юркого, верткого, который умеет ловко уворачиваться или незаметно проскальзывать. Так могли прозвать расторопного и подвижного парня, который везде поспевал и из любой переделки выходил сухим.

Модель образования типична для северных и центральных областей России: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Шмыглы). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречались на юге и востоке, фамилии на -ин характерны для новгородских, псковских, владимирских земель. Поэтому географически Шмыглины — это, скорее всего, выходцы из северо-западной или центральной части России.

Есть и другая, менее вероятная версия: в некоторых диалектах «шмыга» — это не человек, а название предмета. Например, в архангельских говорах «шмыгой» называли веревку или ремень, которым что-то стягивают. В таком случае прозвище могло закрепиться за мастеровым — шорником или плотником, который работал с кожаными ремнями. Но эта гипотеза уступает первой по распространенности: прозвища по чертам характера в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем по названиям инструментов.

Встречается фамилия и в варианте Шмыглин — без конечной -а, что характерно для мужской формы. В документах XIX века, например, в переписях Рязанской и Тверской губерний, попадаются крестьяне с фамилией Шмыглины, что подтверждает ее простонародное происхождение. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: дворянских родов с такой фамилией в гербовниках не отмечено.

Таким образом, фамилия Шмыглина прямо указывает на предка, которого в деревне знали как ловкого, быстрого и неуловимого человека. В этом смысле она близка однокоренным Шмыгалов, Шмыгарев и Шмыков — все они описывают сходное качество, но каждая со своим суффиксальным оттенком.