Фамилия Сидаркова — женская форма, а её мужской вариант — Сидарков. В русской фамильной системе это типичная патронимическая модель с суффиксом -ов, указывающая на принадлежность: «чей?» — Сидарков, то есть потомок человека по имени или прозвищу Сидарко.

Основа фамилии — Сидарко. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Сидор (церковное Исидор, от греческого «дар Исиды»). В русских говорах имя Сидор было очень популярно, и от него образовалась целая россыпь фамилий: Сидоров (самая частотная), Сидоркин, Сидоренко, Сидорчук и, наконец, Сидарков. Форма Сидарко характерна для южнорусских и украинских земель: в этих регионах имена часто усекали и смягчали суффиксом -ко (ср. Иванко, Петько, Дмитро). Поэтому фамилия Сидарков, скорее всего, имеет южнорусские или украинские корни, хотя сейчас встречается по всей России.

Ударение в фамилии, судя по распространённому произношению, падает на второй слог — Сида́ркова. Встречается также вариант с ударением на последний слог (Сидарко́ва), но он менее типичен для фамилий на -ов.

Интересная деталь: фамилия Сидарков — не единственная, образованная от той же основы с другим суффиксом. Существуют однокоренные фамилии Сидаренко, Сидарчук и Сидаренков. Все они восходят к одному и тому же прозвищу Сидар, которое могло быть не только уменьшительным от Сидора, но и самостоятельным мирским именем. В старину на Руси имя Сидар фиксировалось в писцовых книгах — например, в XVI веке упоминается крестьянин Сидарко Иванов из новгородских земель. Так что носители фамилии Сидаркова могут считать своими предками как крестьян, так и посадских людей, повсеместно носивших это имя или прозвище.