Фамилия Силифанов — яркий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в виде фамилии. В её основе лежит крестильное имя Силуан (от латинского Silvanus — «лесной», «живущий в лесу»). В русской традиции это имя часто видоизменялось: через формы Силуян, Селиван, Силиван. От последнего, Силиван, и образована фамилия с помощью стандартного патронимического суффикса -ов, означающего «сын Силивана» или «потомок Силивана».

Интересна фонетическая деталь: замена «в» на «ф» в корне. В русском языке звонкое «в» в конце слова или перед глухим согласным оглушается, что и привело к появлению варианта Силифанов. Такое написание — не ошибка, а отражение живого произношения, характерного для многих русских фамилий (сравните: Сидоров — Сидоров, но в говорах могло быть и Сидороф). Именно форма с «ф» и закрепилась в документах.

Географически фамилия Силифанов встречается не повсеместно, а тяготеет к центральным и северным регионам России, где имя Силуан было более распространено. В южнорусских и украинских землях чаще встречались варианты Силиваненко, Силивановский или просто Силиванов. Таким образом, Силифанов — типично великорусская фамилия, возникшая в среде, где имя Силуан бытовало в просторечной оглушённой форме.

Что касается социального происхождения, то фамилия эта, скорее всего, крестьянская или мещанская. Она не принадлежала к дворянским родам (в дворянских родословных книгах таких записей нет), а фиксировалась в ревизских сказках и метрических книгах сельских приходов. Предки современных Силифановых, вероятно, были государственными или помещичьими крестьянами, в среде которых патронимические фамилии на -ов стали массово оформляться в XVIII–XIX веках.

В словаре русских фамилий, например у Б. Унбегауна, эта модель описана как одна из самых продуктивных: от полной формы крестильного имени через народный вариант. Силифанов стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Селиванов, Силиванов, Силуянов — все они восходят к одному источнику, но различаются степенью фонетической обработки.