Фамилия Симанушкин — редкий случай, когда за основу взяли не просто имя, а его уменьшительную форму с двойным суффиксом. В ядре лежит имя Симон (древнееврейское Шимон — «услышанный Богом»). В русском быту это имя давало десятки производных: Сима, Симка, Симуня, Симуша. Форма Симанушка — как раз такой двойной диминутив: от Симан (уже уменьшительное) добавили ещё один ласкательный суффикс -ушк-.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Симанушкин, то есть сын, внук или слуга человека по прозвищу Симанушка. Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин широко бытуют. В отличие от более частых Симанов или Симонов, Симанушкин встречается редко — это указывает на то, что прозвище закрепилось в одном роду или даже в одной местности.

География фамилии узкая. По данным современных телефонных справочников и архивов ЗАГС, основная масса Симанушкиных сосредоточена в Пермском крае и Кировской области. Это не случайно: именно в вятских и приуральских говорах была жива традиция сложных уменьшительных форм имён. Человек по имени Симон в тех краях мог с детства зваться Симанушкой, и это прозвище стало родовым.

Церковная форма имени — Симон, но в народе её часто заменяли на более привычное Симан. Отсюда же пошли фамилии Симанов, Симанков, Симанин. Симанушкин стоит особняком: суффикс -ушк- придаёт ей не просто уменьшительность, а оттенок ласки или даже некоторой фамильярности. В ономастике такие формы считаются «домашними» — они редко становились официальными фамилиями, поэтому Симанушкин — скорее исключение, подтверждающее правило.

Других версий происхождения, кроме антропонимической (от имени), нет. Связь с тюркскими корнями или географическими названиями маловероятна: фамилия целиком лежит в русской словообразовательной модели. Если ваш предок носил фамилию Симанушкин, он почти наверняка происходил из крестьянской или мещанской среды Вятской губернии — именно там такие «ласкательные» фамилии давали детям, чтобы отличать одну ветвь рода от другой.