Фамилия Симонишен — одна из тех, что сразу выдают географию и способ образования. В русском языке она выглядит чужеродной: длинная, с ударением на предпоследний слог и характерным суффиксом «-ен», который для славянских фамилий не типичен. Дело в том, что Симонишен — это не русская, а литовская или польская фамилия, записанная кириллицей.

Основа фамилии — имя Симонис, литовская форма от библейского Симеон или Симон (в русской традиции — Семён). Суффикс «-ен» в литовских фамилиях указывает на принадлежность: Симонишен буквально означает «сын Симониса» или «из рода Симонисов». Такая модель словообразования характерна для северо-западных земель бывшей Речи Посполитой — современной Литвы, западной Беларуси и части Польши.

В XIX веке, после разделов Речи Посполитой, многие носители литовских и польских фамилий оказались в составе Российской империи. Фамилию Симонишен могли записать по русской орфографии, сохранив литовское окончание, но адаптировав звучание. Встречается она редко, в основном в исторических документах Виленской, Ковенской и Гродненской губерний.

Если предки носителя фамилии — из этих мест, то они, скорее всего, были крестьянами или мещанами, носившими фамилию, образованную от имени отца. Вариантов написания могло быть несколько: Симонишень, Симонишене (женская форма), а в польском — Simoniszen. В русском языке ударение ставится на предпоследний слог: Симони́шен.

Фамилия не имеет отношения к славянским суффиксам «-ов» или «-ин», поэтому попытки вывести её из русского слова «сим» или «семя» ошибочны. Это чистый пример балтийской антропонимики, которая попала в русский контекст через переселение народов и административные границы империи.