Фамилия Симухин образована от народной формы крестильного имени Серафим. Симуха — так в быту могли звать человека, носившего это церковное имя, которое в переводе с древнееврейского означает «огненный ангел». Суффикс -ин указывает на принадлежность: Симухин буквально значит «сын Симухи», «из семьи Симухи». Такая модель типична для русских фамилий, возникших из обиходных, сокращённых форм имён.

Покровителем имени считается Серафим Саровский, один из самых почитаемых русских святых. Его известность в XIX веке подогревала популярность имени среди простого народа, где оно быстро обрастало уменьшительными вариантами: Сима, Симуха, Симушка. От каждой такой формы позже возникали отдельные фамилии — Симаков, Симушин, Симухин. Поэтому Симухин стоит в одном ряду с этими родственными фамилиями, и их носители в прошлом вполне могли быть тёзками.

Стоит добавить, что основа «Симух-» встречается и в других славянских землях, но в русской традиции она почти всегда восходит именно к Серафиму, а не к иным именам. Менее вероятная версия — связь с глаголом «симуть» или диалектными словами, однако такие гипотезы не находят убедительного подтверждения в ономастике. Потомок человека по имени Симуха со временем и получил фамилию Симухин, которая закрепилась и передавалась из поколения в поколение.