Фамилия Синигаева — одна из тех, что на первый взгляд кажется прозрачной, но при ближайшем рассмотрении ставит перед исследователем несколько загадок. В её основе, скорее всего, лежит прозвище или мирское имя, но вот какое именно — вопрос открытый.

Самая очевидная версия отсылает к прилагательному «синий». Однако прямое значение («синеватый», «синюшный») вряд ли давалось человеку в качестве фамильного прозвища. Скорее, здесь действовала народная традиция давать имена по цвету волос или глаз. В русских говорах «синявкой» могли называть человека с очень тёмными, почти чёрными волосами или с синюшным оттенком кожи (например, из-за профессии, связанной с холодом или красителями). Но есть и более конкретная версия: в некоторых диалектах «синига» или «синяга» — это растение синеголовник, или же, что интереснее, водоросль, которая в народе зовётся «сине-зелёной». Прозвище могли дать рыбаку или крестьянину, жившему у воды и имевшему дело с тиной.

Менее вероятна, но тоже возможна связь с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «син» (могила, надгробие) или «сини» (подобный, похожий), но для фамилии Синигаева такая этимология выглядит натянутой и не подкреплённой географией распространения. Фамилия явно славянская по модели образования.

Суффикс -ев указывает на притяжательное значение: Синигаев — это «чей?» — сын или потомок человека по прозвищу Синигай (или Синига). Форма на -ай характерна для северных и сибирских говоров, где такие прозвища (Болтай, Лепетай, Синигай) были распространены. Таким образом, первоначально прозвище звучало как Синигай, а фамилия закрепилась в форме Синигаев.

Фамилия редкая. Встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, с небольшим скоплением в Рязанской и Тамбовской областях. Это наводит на мысль, что родоначальник мог быть крестьянином или однодворцем, а его прозвище — не книжным, а бытовым, данным по внешнему признаку или по роду занятий, связанному с водой и тиной. Сословная принадлежность — почти наверняка крестьянская, без дворянских корней, что подтверждается отсутствием фамилии в родословных книгах.