Фамилия Синьковский почти наверняка указывает на географическое происхождение предка — его прозвали по месту, откуда он был родом. В основе лежит название села Синьково в Дмитровском районе Московской области, что в 65 километрах к северу от столицы, неподалёку от порта Дмитров на канале имени Москвы. Такой тип фамилий — с суффиксом «-ский» — в старину был характерен для дворянства, бравшего фамилии по своим владениям, и для духовенства, которое часто образовывало фамилии от названий приходов или сёл, где служили священники. Поэтому Синьковский мог быть и потомком помещика из Синькова, и выходцем из крестьян, и семинаристом, получившим фамилию при поступлении в духовное училище.

Сам топоним Синьково ономасты обычно связывают с промыслом, который там процветал. Скорее всего, название произошло от слова «синька»: в селе красили ткани в синий цвет или же выделывали синель — особый вид кручёных нитей для вышивки. Впрочем, в некоторых русских говорах глагол «синить» имел более широкое значение — «красить ткани вообще, в любой цвет», так что точный оттенок ремесла первых поселенцев уже не восстановить. Версия о личном имени Синя (уменьшительном от Сидор или других имён) выглядит слабее, поскольку суффикс «-ский» в подавляющем большинстве случаев крепился именно к географическим названиям, а не к личным именам.

Среди носителей фамилии выделяется фигура Дмитрия Николаевича Синьковского (умер в 1792 году) — писателя и профессора философии Московского университета. Его биография показательна для XVIII века: он начал обучение в переяславской семинарии, затем продолжил в Московском университете. Из его трудов сохранились «Рассуждение о вероятном познании нравов человеческих по некоторым знакам» (М., 1789), перевод с латинского «Баумейстера нравоучительная философия» (1782) и «Латинский лексикон по образцу Геснерова» (1795). Такая карьера — из провинциального духовного сословия в университетские профессора — как раз подтверждает, что фамилия могла сформироваться в церковной среде, где было принято давать будущим пастырям «благозвучные» фамилии от названий мест.

Встречается и вариант написания с одной «н» — Синяковский, но он, как правило, восходит к другому топониму, Синяково. Сама же фамилия Синьковский остаётся довольно редкой и крепко привязанной к центральнорусскому региону, что делает её надёжным маркером родовых корней в Подмосковье.