Фамилию Сионенко стоит разбирать не с корня, а с суффикса — в этом её ключевая особенность. Типичный украинский патроним на -енко указывает на «сына» или «потомка» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. Такая модель была особенно распространена в Левобережной Украине, на Полтавщине и Черниговщине, где фамилии на -енко встречаются едва ли не у половины населения. Так что Сионенко — это «сын Сиона» или «потомок того, кого звали Сион».

Корень Сион- почти наверняка восходит к библейскому имени Сион (гора Сион в Иерусалиме, символ Царства Небесного). В православной и католической традиции это слово стало личным именем, хоть и редким. В славянской среде такое имя могли дать в религиозной семье, возможно, под влиянием старообрядчества или духовного сословия. Не исключено, что прозвище Сион получил человек, который служил в церкви, пел на клиросе или был особенно набожен — в народе подобные прозвища прирастали легко.

Есть и вторая, более приземлённая версия: фамилия могла возникнуть от гидронима или топонима. В Беларуси и на западе Украины встречаются речки и урочища с названием Сион, Сионовка. Если предок жил у такой реки или в селе с похожим именем, его дети могли получить фамилию по месту жительства. Однако эта гипотеза слабее: для фамилий на -енко типичнее происхождение от личного имени, а не от географического названия.

Фамилия Сионенко — редкая, её нет в массовых списках распространённых украинских фамилий. Встречается она в основном в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России и дальнем зарубежье. В дореволюционных метрических книгах её носители чаще всего были крестьянами или мещанами, но из-за редкости фамилии составить о них обобщённый портрет сложно.