Фамилия Сионин встречается нечасто, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение — она образована от прозвища или нецерковного имени Сионя. В русских говорах так могли называть человека, имевшего отношение к церковной жизни или обладавшего важной, «библейской» осанкой. Слово «Сион» (гора в Иерусалиме) в народном сознании ассоциировалось с чем-то возвышенным, святым, а уменьшительная форма Сионя могла закрепиться либо за богомольным прихожанином, либо за тем, кто любил цитировать псалмы или жил при храме.

Суффикс -ин указывает на старую русскую модель: «чей сын?» — Сионин, то есть сын Сиони. Такая форма типична для фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а/-я (ср. Фомин, Савин). Если основа была бы на согласный, мы получили бы Сионов, но здесь — именно Сионин, что говорит о прозвищном, а не календарном имени.

Вторая версия, более редкая и спорная, связывает фамилию с гидронимом Сион (например, река Сионка в Тверской области). В этом случае Сионин — тот, кто с реки Сиони, то есть житель определённой местности. Однако такая топонимическая модель с суффиксом -ин для русских фамилий нехарактерна: обычно выходца с реки называли Сионский или Сионов. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России, но не образует плотных гнёзд. Встречается она и у казачества, где прозвища часто давались по внешним или поведенческим чертам.

Известных носителей, оставивших след в истории, среди Сиониных нет, что типично для фамилии, не попавшей в дворянские родословные. Это не делает её менее интересной: наоборот, она сохранила память о конкретном человеке — возможно, степенном и набожном, которого в деревне прозвали Сионей.