Фамилия Сионина — женская форма, мужской вариант — Сионин. В её основе лежит имя, прозвище или географическое название, и здесь есть несколько версий, разной степени убедительности.

Самая вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем Сион. В святцах есть несколько святых с таким именем, в том числе мученик Сион, пострадавший в III веке. Имя это восходит к библейскому топониму Сион (гора в Иерусалиме). В русской традиции имена из Ветхого Завета встречались реже греческих и латинских, но в среде духовенства и старообрядцев их давали охотнее. Фамилия Сионин могла образоваться от имени Сион так же, как Иванов — от Иван: с помощью патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («сын Сиона»).

Менее распространённая, но возможная версия — прозвище Сиона от диалектного слова «сионить» (в некоторых говорах — «синеть», «темнеть» или «плакать»). Однако документальных подтверждений такого прозвища в исторических источниках почти нет, и эта гипотеза уступает первой по надёжности.

Интересная деталь: фамилия Сионин встречается в двух удалённых друг от друга регионах — на юге России (в Ростовской области, Краснодарском крае) и в Поволжье (в Нижегородской области). Это может говорить о том, что фамилия возникала в разных местах независимо, от разных носителей имени Сион или от разных прозвищ. Встречается она нечасто, что также подтверждает её редкое имя-основу.

Если ваши предки — Сионины из духовного сословия, то имя Сион могло быть дано при поступлении в семинарию: такие «искусственные» фамилии от библейских названий (Иорданский, Елеонский, Сионский) были в ходу у семинаристов. Но в фамилии Сионин суффикс -ин, а не -ский, что скорее указывает на народное, а не искусственное происхождение.