Фамилия Сивушкин образована от прозвища Сивушка, а то, в свою очередь, — от прилагательного «сивый», то есть серый, седой, пепельный. В русских говорах сивым называли не только масть лошади или окраску шерсти животных, но и цвет волос человека: сивушка — ласковое прозвище седого или просто светловолосого человека. Суффикс -ушк- в основе типичен для уменьшительно-ласкательных форм имён и прозвищ в северных и центральных говорах.

Модель образования фамилии простая: прозвище Сивушка плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — «сын Сивушки». Такая схема (на -ин) характерна для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а/-я, и широко распространена в северной и северо-восточной части России, в частности в бывших новгородских и вятских землях. Потому искать корни Сивушкиных стоит прежде всего в Архангельской, Вологодской или Кировской областях, хотя со временем фамилия разошлась шире.

В отличие от фамилий на -ский или -ов, которые часто носили дворяне и духовенство, Сивушкин — фамилия крестьянская и посадская. Предок-носитель прозвища мог быть либо седовласым человеком, либо, что тоже вероятно, иметь отношение к лошадям: сивкой в деревнях называли серую лошадь, а Сивушкой — конюха или того, кто держал такую лошадь. Прямой связи с «сивушным маслом» или сивухой (крепким алкоголем) нет: это случайное звуковое совпадение, народная этимология тут ошибается.

Однокоренные фамилии — Сивов, Сиваков, Сивцев, Сивушкин стоит среди них как самая «ласковая» по форме, что говорит о бытовом, семейном происхождении прозвища. В ономастических справочниках фамилия фиксируется с XIX века, но не относится к частым: по данным переписей, она встречается точечно, без ярко выраженного «гнезда» в одном уезде. Это типичная фамилия-однодворка, возникшая в конкретной семье и не размножившаяся до массовой.