Фамилия Скальненков образована от прозвища или нецерковного имени Скальня, Скальной. В её основе лежит слово «скала», и происхождение может указывать на две разные профессиональные или бытовые черты предка. Первая и наиболее вероятная: прозвище Скала или Скальня давали человеку, жившему у скалы, на каменистой почве, либо тому, кто добывал или обрабатывал камень. В русских говорах «скала» означала не только утёс, но и каменную плиту, глыбу, а в некоторых регионах — кожемялку (толстую деревянную доску), но это значение менее вероятно для фамилии с корнем «скаль-». Вторая версия: прозвище могло быть ироническим — «крепкий как скала», упрямый, несгибаемый человек.

Суффикс -енков типичен для фамилий центральных и восточных областей России, особенно для территорий бывшего Рязанского княжества, Тамбовской, Пензенской, Воронежской губерний. Форма на -енков (а не на -ов) указывает, что фамилия закрепилась в среде, где была распространена модель «чей сын»: Скальненок — сын Скальни. Позже, при оформлении фамилий в документах, суффикс нарастили до -енков по аналогии с фамилиями на -ов. Ударение в фамилии падает на второй слог: Скальне́нков.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные формы рассматриваются как отчества от прозвищ, образованных от географических терминов. Фамилия редкая: по открытым данным, основная масса носителей сосредоточена в Рязанской, Липецкой и Нижегородской областях, что подтверждает её связь с южнорусским ареалом распространения суффикса -енков. В дореволюционных источниках фамилия могла писаться иначе: Скальнинков, Скальненковъ — с двойным «н» или через «я» (Скальнянков), но современная орфография закрепилась с одной «н» в корне.

Сословно предки Скальненковых, скорее всего, относились к государственным или помещичьим крестьянам. Прозвище Скальня не встречается в боярских и дворянских родословцах, а сама модель фамилии (отчество от прозвища) типична для низших сословий, получивших фамилии позже, в XVIII–XIX веках.