Фамилия Скитяшин — нечастая, но с прозрачной внутренней формой, хотя и не самой очевидной на первый взгляд. Её основа — «скит», слово, известное каждому: уединённое жильё отшельника, небольшой монастырь. В русской ономастике такие прозвища давали людям, жившим при скиту, служившим там или ведущим отшельнический образ жизни. Прозвище Скитя (или Скита) — человек, связанный со скитом, либо тот, кого в насмешку называли «скитником» за нелюдимость или аскетичный быт.

Словообразовательная модель проста: к основе «скит» добавили суффикс -яш(ин). Это редкий вариант патронимического суффикса -ин, характерный для северных и центральных русских говоров. В формах вроде Скитяша, Скитяй суффикс -яш выполнял ту же роль, что и -ин в фамилиях на -ин: указывал на принадлежность «сын Скити» или «человек из семьи Скити». Фамилии на -яшин (ср. Кузяшин, Ваняшин) встречаются нечасто, и Скитяшин — один из таких локальных вариантов, что говорит о конкретном диалектном ареале.

Возможна и вторая, менее вероятная версия: от имени Скит — редкого календарного имени, которое могло быть народной формой греческого Скиф (Скифос). В древнерусских святцах такое имя не зафиксировано, но в бытовой ономастике встречались прозвища от этнонимов. Однако связь со скитом — первична и подтверждается типичной для прозвищ семантикой.

Географически фамилия тяготеет к северным регионам: Архангельская, Вологодская области, где скиты были распространены. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и монастырские служители с прозвищем Скита, но фамилия в современном написании фиксируется позже. Сословно носители были, скорее всего, крестьянами или посадскими, реже — духовенством (если прозвище давалось за службу при ските). В дворянских родословных Скитяшины не значатся.

Фамилия сохранила архаичный суффикс, который в других регионах вытеснялся стандартным -ов или -ин. Поэтому Скитяшин — не просто указание на предка-отшельника, но и маркер говора той местности, где жили его потомки.