Фамилия Скитина — редкий случай, когда географическое происхождение просматривается почти наверняка. Её основа — не имя и не ремесло, а топоним: река Скит или село Скитино. Такие названия встречаются в основном в северных и центральных областях России — в Вологодчине, Костромской, Ярославской землях. Человек, переселившийся из Скитина или живший на реке Скит, получал прозвище Скита, а его потомки записывались как Скитины.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Скитин, то есть сын Скиты. Это типичная модель для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я, распространённая в северорусской и сибирской традиции. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречались на юге, Скитина — характерный северный вариант.

Менее вероятна, но возможна связь со словом «скит» — уединённое поселение монахов или старообрядцев. В этом случае фамилия могла возникнуть у выходца из такого поселения. Однако форма Скитина (с ударением на первый слог) скорее указывает на топоним, чем на прямое прозвище «скитник» — от него ожидалась бы фамилия Скитников.

Фамилия остаётся редкой. В дореволюционных переписях она не встречается массово, что говорит о локальном бытовании: носители Скитиной — потомки крестьян или мещан из одного-двух уездов. В современных справочниках её нередко путают со Скитиным (мужской вариант), но женская форма закрепилась как неизменяемая.