Фамилия Скрыльков образована от прозвища Скрылёк. В русских говорах «скрыль» или «скрылёк» — это щепка, заноза, осколок или тонкая пластинка, отколотая от дерева. Человек, получивший такое прозвище, мог быть либо очень худым, щуплым («сухой, как щепка»), либо иметь острый, колкий характер — задиристый, не дающий покоя. В некоторых диалектах «скрылём» называли также стружку или лучинку, что могло указывать на ремесло — плотника, столяра или щепенника, который расщеплял дерево на лучину.

Суффикс -к- в основе Скрыль-к-ов — уменьшительный, характерный для прозвищ, которые давали не столько по внешнему признаку, сколько с оттенком оценки: не просто «скрыль», а «скрылёк» — мелкий, но бойкий или дотошный человек. Фамильный суффикс -ов стандартно указывает на принадлежность: «сын Скрылька».

Стоит отметить, что фамилия редкая и в основном встречается в центральных и южнорусских областях — в Тамбовской, Воронежской, Рязанской губерниях. В этих местах слово «скрыль» фиксируется в говорах именно как «щепка» или «заноза». Встречаются однокоренные фамилии — Скрылёв, Скрылин, но Скрыльков стоит особняком благодаря уменьшительной основе: она предполагает, что прозвище было не просто описательным, а скорее бытовым, семейным — так могли звать младшего или невысокого, худощавого человека в деревне.

Иной, менее вероятной версии придерживаются те, кто связывает фамилию со словом «скрыля» — так в некоторых говорах называли крикливого, сварливого человека. Но эта гипотеза слабее: «скрыля» — форма женского рода, а фамилия Скрыльков явно мужская по происхождению, и её основа — «скрылёк», а не «скрыля».