Фамилия Смирнихина — женская форма от Смирнихин, а та, в свою очередь, образована с помощью редкого суффикса -их-, что сразу выдает её северное или уральское происхождение. В русской ономастике суффикс -их- (и его патронимический вариант -ихин) типичен для фамилий, возникших в новгородских землях, на Вятке, в Поморье и на Урале. Он указывал на принадлежность к дому или роду: Смирниха — это жена или вдова человека по прозвищу Смирной.

Основа фамилии — прозвище Смирной (или Смирный). В древнерусском языке слово «смирный» означало не только «тихий, покладистый», но и «послушный, кроткий». Такое прозвище давали человеку смирного нрава, не склонному к ссорам и буйству. В крестьянской среде, где ценилась работоспособность и лад в семье, прозвище было скорее одобрительным, чем уничижительным.

Фамилия Смирнихина прошла через несколько ступеней словообразования. Сначала отчество «Смирнов сын» дало фамилию Смирнов, а от уменьшительной или уничижительной формы того же корня (Смирня, Смирной) возникло прозвище Смирниха, которое затем закрепилось как фамилия. Такая модель — от имени-прозвища матери или жены (так называемые матронимы) — встречается в северных говорах чаще, чем в центральной России.

Поскольку фамилия несёт яркий региональный отпечаток, её носители в прошлом с высокой вероятностью происходили из крестьян или посадских людей Русского Севера или Приуралья. В документах XVII–XVIII веков подобные фамилии на -ихин фиксируются в переписных книгах Вологды, Архангельска, Пермской губернии. Смирнихины, скорее всего, не принадлежали к дворянству: фамилии с суффиксом -их- редко попадали в родословные книги, оставаясь в среде черносошных крестьян и горожан.

Написание фамилии устойчиво: Смирнихина (женская форма) и Смирнихин (мужская). Вариант с двойным «н» (Смирннихина) ошибочен — корень «смирн-» не удваивается. Ударение в разговорной речи чаще падает на второй слог (Смирнихина), хотя в некоторых говорах возможно смещение на третий.