Фамилия Софронеев образована от имени Софроней — народной, разговорной формы канонического крестильного имени Софроний. В переводе с греческого это имя означает «благоразумный», «здравомыслящий». Церковь почитает нескольких святых с этим именем: Софрония, патриарха Иерусалимского, который защищал православную веру от еретиков и составил множество церковных песнопений, и Софрония, епископа Иркутского, прославленного за добродетельную жизнь и дар чудотворений. На Руси имя Софроний было распространено среди всех сословий, но особенно часто встречалось в среде духовенства и крестьянства, что и породило множество производных форм, в том числе и Софроней.

Славяне верили, что имя напрямую связано с судьбой: назвать ребенка в честь святого или мученика значило либо обеспечить ему благую и светлую жизнь под покровительством небесного заступника, либо, напротив, уготовить трудную долю, ведь существует незримая связь между именем и его святым покровителем. Поэтому имя Софроней давали не случайно, а с надеждой на благоразумие и мудрость в делах.

Сама фамилия построена по классической русской модели: к основе Софроней добавляется притяжательный суффикс -ев, который указывает на принадлежность. Первоначально Софронеев — это «сын Софронея», то есть потомок человека, которого звали Софроней. Со временем, когда отчества закрепились в качестве родовых прозваний, форма Софронеев стала самостоятельной фамилией. Интересно, что более распространенный вариант — Софронов — образован от краткой формы имени, тогда как Софронеев сохраняет полную, разговорную его версию, что делает фамилию более редкой и колоритной.

Фамилия эта бытует в основном в северных и сибирских регионах России. Так, в Книге памяти Республики Саха упоминаются Георгий Андреевич Софронеев, родившийся в 1896 году в городе Вилюйск Вилюйского округа Якутии, и Никита Николаевич Софронеев, родившийся там же в 1876 году. Сама привязка к Якутии не случайна: в XIX веке в Сибирь активно переселялись крестьяне из северных губерний, где имя Софроний было особенно любимо, и вместе с ними фамилия ушла далеко за Урал.