Фамилия Софронеевы образована от личного имени предка, и в этом её история типична для огромного пласта русских фамилий, но с одной важной оговоркой. В её основе лежит не каноническое церковное имя, а его просторечная, обиходная форма — Софроней. Это производное от крестильного имени Софрон (в полной форме Софроний), которое пришло на Русь из греческого языка и означает «благоразумный». Имя было распространено благодаря почитанию нескольких святых: патриарха Софрония Иерусалимского, защищавшего православную веру от еретиков и составившего многие церковные песнопения, и Софрония, епископа Иркутского, прославленного даром чудотворений за добродетельную жизнь.

Сама форма Софроней — характерная примета народной традиции имянаречения. Церковь требовала строгой формы, но в быту греческое окончание «-ий» часто отбрасывали или упрощали, получая более «русские» варианты вроде Софрон, Софроней или Софроня. Именно от такой разговорной версии и пошла фамилия, что указывает на среду её возникновения: скорее всего, предки Софронеевых были не книжными людьми, а крестьянами, ремесленниками или служилыми, для которых имя звучало естественно и привычно.

Славяне верили в незримую связь между именем и святым покровителем. Считалось, что, назвав ребёнка в честь мученика или праведника, родители либо обеспечивают ему благую и светлую жизнь, либо, напротив, посылают трудную судьбу, полную испытаний. Поэтому выбор имени был не случаен, а фамилия, возникшая от него, становилась семейным оберегом и напоминанием о предке, носившем это имя.

Суффикс «-еев» в фамилии — это вариант более распространённого «-ев», который присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или «й». В данном случае основа Софроней- при присоединении суффикса дала форму Софронеев. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён на «-ей» (например, Андреев, Сергеев), и указывает на отчество: потомок человека по имени Софроней.

География бытования фамилии интересна и показательна. В Книге памяти Республики Саха (Якутия) упоминаются Георгий Андреевич Софронеев, родившийся в 1896 году в городе Вилюйск, и Никита Николаевич Софронеев, родившийся там же в 1876 году. Это не случайность: фамилия активно встречается в Сибири и на Дальнем Востоке, куда в XVII–XIX веках переселялись крестьяне из центральных и северных губерний России. Вилюйск — один из старейших городов Якутии, и присутствие там Софронеевых говорит о том, что род успел пустить корни в этих местах ещё до революции.

Впрочем, утверждать, что фамилия имеет исключительно сибирское происхождение, нельзя. Форма Софроней могла возникнуть независимо в разных регионах, где было распространено имя Софроний. Процесс формирования каждой отдельной фамилии был длительным и не всегда имел привязку к одной местности, поэтому окончательно говорить о точном времени и месте происхождения конкретной ветви Софронеевых можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований с привлечением архивных документов, метрических книг и ревизских сказок.