Фамилия Стамбулко — редкий случай, когда географическое название попало в фамилию не напрямую, а через прозвище, и при этом сохранило нетипичный для славянских языков суффикс. В основе лежит название города Стамбул (разговорная форма от греческого «ис тин полин» — «в город», ставшая в турецком Istanbul). Но носитель фамилии не обязательно был родом из этого города. Прозвище Стамбул в украинской и южнорусской среде могли дать человеку, который долго жил в Стамбуле, торговал с турками, был пленником и вернулся, либо просто носил одежду или имел манеры, напоминавшие «стамбульские».

Фамилия образована по продуктивной для украинского запада и юга модели: основа Стамбул + суффикс -к- (уменьшительный или принадлежный) + окончание -о. В украинской ономастике суффикс -к-о характерен для фамилий, образованных от прозвищ, и часто указывает на молодого человека, слугу или сына человека с таким прозвищем. То есть Стамбулко — это буквально «маленький Стамбул» или «сын Стамбула». Без этого суффикса фамилия звучала бы как Стамбулов (русский вариант) или Стамбуленко (классический украинский патроним), но форма на -ко типична для Подолья, Галиции, а также для переселенческих говоров Кубани и Дона.

В письменных источниках фамилия встречается с XIX века, преимущественно в метрических книгах Херсонской и Подольской губерний. Встречаются варианты написания: Стамбулко, Стамбулько (с мягким знаком, что отражает южнорусское произношение). Родственная фамилия Стамбульский — польского или шляхетского происхождения, где формант -ский уже указывает на владельца поместья или выходца из местности. Стамбулко же — прозвищная фамилия простого сословия, без дворянского оттенка.

Спорных версий здесь почти нет: тюркская или греческая этимология самого топонима не влияет на русскую фамилию, которая однозначно происходит от прозвища через суффикс -к-о. Единственное, что можно оговорить: в редких случаях фамилия могла возникнуть не от города, а от личного имени Стамбул (встречалось у ногайцев и крымских татар), но для православного населения это маловероятно. Таким образом, предок носителя фамилии Стамбулко — человек, которого в селе или казачьей станице прозвали «Стамбулом» за связь с турецкой столицей, и это прозвище закрепилось за его потомками в уменьшительной форме.