Фамилия Станковайт звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно. Это типичная литовская фамилия, образованная по балтской модели. В основе лежит корень «станк-», который в литовском языке (stankus) означает «частый, густой, плотный». В переносном смысле так могли прозвать коренастого, плотного человека или того, кто говорил торопливо, «часто».

Суффикс «-айтис» (-aitis) в литовской ономастике — один из самых распространённых патронимических суффиксов. Он указывает на происхождение: «сын такого-то». Получается, что Станковайт — это буквально «сын Станкуса» или «потомок плотного человека». В русской передаче окончание «-ис» часто отбрасывали или русифицировали, поэтому фамилия закрепилась как Станковайт, а не Станкайтис.

Географически фамилия почти наверняка происходит из исторической Литвы или прилегающих районов бывшего Великого княжества Литовского (современные Литва, запад Беларуси, часть Польши). В России она встречается редко и, скорее всего, принесена переселенцами или потомками литовцев, служивших в Российской империи.

Любопытно, что в отличие от русских фамилий на «-ов» или «-ин», где патроним со временем стал просто родовым именем, литовская модель «-айтис» долго сохраняла буквальное значение «сын». Поэтому предок первого носителя фамилии Станковайт жил, вероятно, не раньше XVII–XVIII веков, когда фамилии в Литве начали массово закрепляться. Вариант с суффиксом «-явичюс» (Stankevičius) встречается чаще, но «-айтис» — более архаичная и локальная форма, подчёркивающая именно отчество, а не принадлежность к роду.