Фамилия Стефаненкова — женская форма фамилии Стефаненков, которая образована от имени Стефан. В основе лежит каноническое греческое имя Стефан (στέφανος — «венок», «венец»), которое в русской традиции приобрело народную форму Степан. Однако фамилия Стефаненков напрямую восходит к церковной, книжной форме имени — Стефан, что указывает на возможную связь предков с духовным сословием или на более позднее, осознанное закрепление фамилии по документам.

Суффикс -енков — типичный для русских фамилий центральных и южных регионов, особенно для территорий, где исторически бытовали украинские говоры (Курская, Воронежская, Белгородская области). Он означает «малый», «сын»: Стефаненков буквально — «сын Стефана». Такая модель образования фамилий от имени отца с суффиксом -енков (в отличие от более распространённого -ов/-ев) встречается реже и придаёт фамилии региональный оттенок. В северных и центральных областях России чаще говорили «Стефанов» или «Степанов», а форма на -енков закрепилась именно в южнорусском и украинском пограничье.

Особенность фамилии — её двойная связь с именем. С одной стороны, она может происходить от прямого имени предка Стефан. С другой — не исключено, что прозвище Стефаненок (уменьшительное от Стефан) давали младшему члену семьи или человеку, который нёс службу при церкви Святого Стефана. В русских писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с именем Стефанко — это уменьшительная форма, от которой и могла пойти фамилия через суффикс -енков.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах могли писать «Стефаненкова» через «о» (Стефоненкова) или с одним «н» (Стефаненкова). Современное написание закрепилось как нормативное, с двумя «н» в корне и окончанием -а, указывающим на женский род. Носительницы фамилии Стефаненкова — потомки тех, кто вёл род от человека по имени Стефан, вероятно, жившего на южных рубежах России.