Фамилия Стефаненков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Стефаненков послужило церковное имя Стефан. Мужское крестильное имя Стефан в переводе с древнегреческого означает «венок». Скорее всего, фамилия Стефаненков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Стефаненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. О точном месте и времени возникновения фамилии Стефаненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Стефаненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.