Фамилия Стефанышына образована от имени Стефаныша. Оно, в свою очередь, произошло от мужского крестильного имени Стефан, которое в переводе с древнегреческого языка означает «венок». Скорее всего, основатель рода Стефанышыных был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Стефаныша, со временем получил фамилию Стефанышын.