Фамилия Стефишина — редкий случай, когда фамилия с типично русским окончанием -ин образована не от крестильного имени, а от его производной формы с неожиданным суффиксом. Основа здесь — Стефиш, что является разговорным вариантом имени Степан (от греческого Стефанос — «венок», «венец»). Обычно от Степана образовывали Степанов, Степин, Стешин, Стефанов. Форма Стефиш встречается реже: она возникла через цепочку Степан → Степа → Стефа → Стефиш. Суффикс -иш- в русских именах часто придавал ласкательный или уменьшительный оттенок (сравните: Павел — Павлиш, Иван — Иваниш). Таким образом, Стефиш — это «маленький Степан» или ласковое обращение к нему.

По географическому распространению фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, особенно к Курской, Белгородской и Воронежской областям. Там диалектное произношение смягчало «ш» в «щ» в некоторых говорах, но в данном случае форма Стефишина устоялась именно с «ш». При этом фамилия встречается и на Украине, где могла писаться как Стефишина (с «и» на конце, по правилам украинской орфографии). Это указывает на возможное пограничное происхождение рода: предки могли жить на стыке великорусских и малороссийских земель.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Стефишина — «дочь (или жена) Стефиша». В крестьянской среде, где фамилии чаще закреплялись по отцу, это означало, что главу семьи в деревне знали как Стефиша. Сама фамилия — относительно поздняя, из числа тех, что фиксировались в переписях XVIII–XIX веков, когда отчество переходило в наследственное прозвание.

Если сравнивать с однокоренными, то Стефишина стоит особняком. Степановых и Стешиных — тысячи, а Стефишиных — единицы. Это не опечатка и не искажение: суффикс -иш- в фамилиях встречается, но редко (например, Анисишин, Кузьмишин). Такая редкость говорит о том, что прозвище Стефиш было локальным, возможно, внутри одной деревни или даже одной семьи, где так называли конкретного человека. Никаких спорных версий с нерусским корнем здесь нет: фамилия очевидно славянская, русская по форме и происхождению.