Фамилия Степутенков — редкий случай, когда можно почти наверняка определить не только корень, но и точную модель образования, которая выдаёт географию предков. Она явно восточнославянская, но не великорусская в привычном смысле.

Основа здесь — имя Степутя. Это народная, обиходная форма от канонического имени Степан (греч. Стефанос — «венок, венец»). Уменьшительных вариантов у Степана десятки: Степа, Стёпа, Степаня, Степура, Степуха. Степутя — один из них, характерный скорее для западнорусских и белорусских говоров, где суффикс -ут- (-утя) давал ласкательные формы (как Михутя от Михаил, Якутя от Яков). Со временем Степутя стало прозвищем или неофициальным уличным именем.

Дальше вступает в силу суффикс -енк(ов). В чистом виде фамилия звучала бы как Степутенко — классическая украинская или южнорусская модель, означающая «сын Степути» или «потомок Степути». Но мы видим окончание -ов, которое добавили при русификации. Так поступали в XIX веке при переписях в сёлах Слобожанщины, Новороссии и Курской губернии: украинскую фамилию на -енко «подгоняли» под общерусский стандарт, приписывая -ов. Получался гибрид вроде Коваленков, Бондаренков, Гриценков. Степутенков — из того же ряда.

Таким образом, предок носителя этой фамилии жил на территории, где смешивались украинская и великорусская традиции имяобразования. Скорее всего, это был крестьянин или казак, которого в документах записали сначала как Степутенко, а позже, при переходе в другую волость или при ревизии, фамилия «обрусела» до Степутенков. Встречается она преимущественно на юге России и в восточной Украине. Других версий, помимо производной от Степана, у этой фамилии нет — редкий случай, когда этимология прозрачна и не даёт повода для споров.