Фамилия Стоенко относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от имени Стое. Имя Стое (Стоя) является вариантом славянского имени Стоян. Это имя восходит к общеславянским словам «стоять», «стойкий». Имя Стоян распространено в Болгарии, Сербии и некоторых других славянских странах. Вероятно, давая подобное имя своему сыну, родители надеялись, что он вырастет крепким, сильным, стойким. Такое имя могли дать и в семье, где дети часто умирали, в надежде, что мальчик по имени Стое проживет долго. Существует и такая версия, что фамилия Стоенко ведет сове начало от прозвища Стое, в основе которого лежит прилагательное «стойкий». Поэтому можно предположить, что такое прозвище закреплялось за человеком упорным, уверенным в себе. Поэтому Стоенко буквально понималось как «сын Стоя».