Фамилия Стонаев звучит так, будто за ней стоит какое-то действие или состояние, но на деле её корень не так прозрачен, как кажется. Сразу скажем: распространённое предположение, что она произошла от глагола «стонать», скорее всего, ложное. В русской ономастике прозвища, образованные от звукоподражаний или физиологических процессов (кашель, чих, стон), встречаются, но крайне редко и обычно фиксируются в других формах — Стонун, Стонка. Стонаев же выглядит как типичная «патронимическая» фамилия, то есть образованная от имени или прозвища через суффикс -ев.

Вероятнее всего, в основе лежит неканоническое имя или прозвище Стоняй. Такое имя могло возникнуть от глагола «стоять» в его старой, диалектной форме — «стонать» (в некоторых говорах «стоять» произносили как «стонать», с утратой йота). Если это так, то Стоняй — это тот, кто «стонает», то есть стоит, возможно, медлительный, неповоротливый человек или, наоборот, стойкий, постоянный. Суффикс -ай в русских прозвищах часто придавал оттенок просторечия или пренебрежения (ср. Гуляй, Болтай, Ломай). Таким образом, Стоняй могло означать «стоячий», «упёртый» или даже «сторож».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками, где корень «стон» мог быть искажением местного слова. Например, в татарском языке есть слово «стон» (в значении «кость»), но это уже область спекуляций, и серьёзных подтверждений эта гипотеза не имеет.

Географически фамилия Стонаев редкая. По данным открытых источников, её носители встречаются в основном в Поволжье и на Южном Урале — в Оренбургской, Самарской областях, в Башкортостане. Это косвенно указывает на возможное пересечение с тюркской или финно-угорской средой, где русские фамилии нередко адаптировали местные звуковые комплексы.

Словообразовательно фамилия проста: основа Стонай- плюс суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Стоная). Ударение, судя по аналогиям (Тонаев, Конаев), падает на последний слог — Стона́ев, хотя в бытовой речи можно услышать и Сто́наев.

Итог: Стонаев — это не «стонущий» предок, а скорее «Стоняев», где буква «я» со временем редуцировалась до «а» под влиянием письменной фиксации. Предок мог быть человеком основательным, «стоячим», или получить прозвище по месту жительства (у столба, у стоячей воды).