Фамилия Стратонитская — одна из тех редких русских фамилий, происхождение которой не лежит на поверхности. Её основа — не прозвище, не ремесло и не географическое название вроде речки или деревни. Словообразовательная модель указывает на суффикс -ск-, типичный для дворянских, польских и церковных фамилий, а окончание -ая выдаёт женскую форму, которая в XIX веке часто закреплялась за девицами или вдовами из духовного сословия.

Корень фамилии — «Стратонит» (или «Стратоник»). Это мужское имя греческого происхождения, от слова «стратос» — войско, воин. В православных святцах известен мученик Стратоник, пострадавший за веру в III веке. Фамилии, образованные от канонических имён через суффикс -ит-, встречаются нечасто: обычно от имён делали отчества на -ович или -ов. Здесь же мы видим редкую модель: имя + суффикс -ит (принадлежность к последователю или ученику) + суффикс -ск (принадлежность к роду или местности). То есть Стратонитская — это «принадлежащая роду Стратонита» или «из семьи Стратонита».

Наиболее вероятная среда бытования фамилии — духовенство. В семинариях и академиях XVIII–XIX веков ученикам часто давали фамилии по имени святого, причём в искусственной, книжной форме. Стратонитская могла возникнуть как «благозвучная» фамилия для выпускника семинарии, взявшего имя небесного покровителя. Женское окончание -ая указывает, что фамилия закрепилась за женщиной — возможно, вдовой священника или дочерью диакона, которую в метриках записали с такой фамилией по отцу.

Географически фамилия крайне редка. В дореволюционных справочниках она почти не встречается, а в современных базах данных насчитываются единичные носители, в основном в центральной России. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это типичная «семинарская» или «церковная» фамилия, которая не перешла в массовое крестьянское употребление.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Стратонов, Стратонников, Стратонович) показывает, что Стратонитская стоит особняком. Если Стратонов — прямое отчество от имени Стратон, то Стратонитская — более сложная конструкция, возможно, с намёком на «ученика Стратона» или «последователя». Впрочем, не исключено, что основа — не имя, а прозвище Стратоник, данное за воинственный нрав или любовь к порядку (от греч. «стратос» — войско). Но для прозвища суффикс -ит- слишком книжный, поэтому версия с семинарским происхождением остаётся основной.