Фамилия Субботников — это прямая отсылка к слову «суббота», но не к выходному дню, а к религиозному и бытовому контексту. В основе фамилии лежит прозвище Субботник, которое в русской традиции давали человеку, родившемуся в субботу, или тому, кто соблюдал субботу как особый день. Второй вариант особенно важен: в старообрядческой и сектантской среде, например у субботников (иудействующих), суббота была днём богослужения и покоя, а не воскресенье. Прозвище могло закрепиться за человеком, который строго чтил этот день, или за тем, кто в глазах окружающих выделялся таким обычаем.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Субботников — буквально «сын Субботника» или «из семьи Субботниковых». Суффикс -ник- в основе («суббота» → «субботник») передаёт значение лица по действию или признаку. Такая конструкция встречается реже, чем простые «Субботин» или «Субботин» от имени Суббота, и указывает на прозвище, а не на календарное имя.

Географически фамилия не привязана к одной области, но чаще встречается в регионах, где были сильны старообрядческие общины — например, на Урале, в Сибири, в Поволжье. В центральных губерниях, где преобладало православие, форма «Субботников» могла быть менее распространена, чем «Субботин». Встречаются и варианты написания с одной «б» — Суботников, но это скорее редкость, связанная с диалектным произношением или ошибками в документах.

В советское время фамилия получила неожиданное созвучие с «субботником» — добровольным бесплатным трудом. Это породило ложное впечатление, что предки были организаторами или активными участниками таких мероприятий. На самом деле корень фамилии уходит вглубь веков, задолго до XX века, и связан исключительно с днём недели и религиозной традицией. Смешение значений — курьёз, но не историческая основа.

Среди носителей фамилии нет широко известных исторических личностей, вошедших в энциклопедии, что типично для фамилий, образованных от прозвищ среднего сословия. Субботниковы — это, скорее всего, крестьяне или мещане, чьи предки получили прозвище за особенность веры или дату рождения, и фамилия закрепилась в нескольких ветвях независимо друг от друга.