Фамилия Субботний — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором: от какого слова её вести? Интуитивно понятная связь с днём недели не всегда оказывается прямой. В русской ономастике закрепилось мнение, что основой для таких фамилий чаще всего служило не название дня, а личное имя или прозвище. Суббота — это некалендарное имя, которое давали ребёнку, родившемуся в этот день, или, по народным поверьям, в субботу (считалось, что такой ребёнок будет счастливым). Имя Суббота известно по документам XV–XVII веков, и от него по модели «чей?» — Субботний — образовали фамилию. Суффикс -ий здесь не типичный фамильный (как -ов или -ин), а притяжательный, указывающий на прямую принадлежность: Субботний сын, то есть сын Субботы.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прозвищем по дню отдыха или торговли. В некоторых говорах «субботник» называли человека, который работал только до субботы, или того, кто любил гулять в этот день. Однако для фамилии Субботний такое объяснение слабее: прозвища чаще давали в краткой форме (Суббота, Субботка), а не в притяжательной. Более того, фамилия Субботний встречается реже, чем её «брат» Субботин, который образован стандартным русским суффиксом -ин. Это говорит о том, что Субботний мог возникнуть в среде, где действовали иные словообразовательные нормы, — например, на юго-западе России или в Белоруссии, где притяжательные прилагательные на -ий были распространены шире.

Географически фамилия не привязана к какому-то одному региону, но чаще встречается в южнорусских и украинских землях. В дореволюционных списках её носители — в основном крестьяне и мещане, что подтверждает народное происхождение от имени или прозвища. Сословной элиты среди Субботних не было, что типично для фамилий, образованных от нецерковных имён.

В написании фамилия устойчива: двойное «б» в корне сохраняется, хотя в разговорной речи иногда путают с формой «Субботный». Вариант с одним «т» (Субботний) — орфографическая ошибка, не меняющая смысла. Интересно, что фамилия Субботний не имеет отношения к еврейской традиции (шаббат), как может показаться на слух: это чисто славянская фамилия, возникшая в православной среде.