Фамилия Суботник — редкий случай, когда в основе фамилии лежит не имя, не профессия, а календарный обычай. Она образована напрямую от слова «субботник» (в старой орфографии — «суботник»). В русском языке слово «субботник» означало не только добровольную работу, но и человека, который по субботам выполнял определённую повинность или чтил субботу по религиозным причинам. Вторая версия — бытовое прозвище человека, родившегося или крещёного в субботу. Такие прозвища по дням недели встречаются у разных славянских народов: Понедельник, Середа, Пятница.

Модель образования проста: основа «субот(ник)» + суффикс принадлежности -ов-. Суффикс -ник- в исходном слове указывал на деятеля или носителя свойства. Фамилии на -ов типичны для русского севера, центра и юга, но сама фамилия Суботник географически тяготеет к западным и юго-западным регионам — там, где сильнее было влияние украинского и белорусского языков, где «субота» (суббота) произносилась без двойного «б». В украинской и белорусской среде фамилия могла возникнуть и без суффикса -ов: Субота, Суботник, а затем русифицироваться добавлением -ов.

Стоит обратить внимание на орфографию: в дореволюционных документах слово «суббота» писалось через два «б», но фамилию часто фиксировали с одним — «Суботников» или «Суботник». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» упоминается, что фамилии от названий дней недели редки, но встречаются в крестьянской среде, где день рождения или крещения ребёнка служил простым и понятным признаком для прозвища.

Таким образом, предок носителя фамилии Суботников мог быть либо человеком, родившимся в субботу, либо тем, кто исполнял субботнюю работу или повинность. В любом случае, фамилия отражает не личное качество, а внешний, календарный признак — что для ономастики скорее редкость, чем правило.