Фамилия Суботина — вариант женской формы от Суботин, а мужская основа восходит к слову «субота» (суббота). В старом русском быту так могли назвать ребёнка, родившегося в субботу, или человека, который особенно почитал этот день. В дохристианской и раннехристианской традиции имена по дням недели были распространены: Понедельников, Вторников, Субботин — все они фиксируют не столько религиозный подтекст, сколько житейскую примету.

Слово «субота» в древнерусском языке заимствовано из греческого (sabbaton) через церковнославянский. Ударение в фамилии плавающее: в большинстве говоров — Суботина́ (с ударением на последний слог), но в северных и сибирских диалектах нередко слышат Су́ботина. Эта разница не меняет происхождения, но указывает на региональную историю семьи.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Суботин, то есть сын или потомок Суботы. Это типичная «посессивная» модель для русских фамилий, образованных от личных имён или прозвищ. В XVII–XVIII веках такие фамилии закреплялись в основном за крестьянами и посадскими людьми, реже — за духовенством. Дворянских родов Суботиных в истории почти нет, что подтверждает народное, а не служилое происхождение.

Любопытная деталь: в южнорусских и украинских говорах «субота» означала не только день недели, но и «поминки» (от поминальной субботы). Если фамилия возникла в этих краях, прозвище мог получить человек, родившийся в родительскую субботу или связанный с поминальными обрядами. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Субботин (а значит, и Суботина) отнесён к группе «календарных» фамилий, но с оговоркой, что церковного имени Суббота не существовало — это чисто бытовое прозвище.

Сравните с однокоренными: Субботников, Субботин, Субботич — все они родственны, но Суботина отличается только написанием (одна «б»). В дореволюционных метриках встречаются оба варианта, что говорит о неустойчивости орфографии: «Суботин» и «Субботин» могли быть одной семьёй, записанной по-разному.