Фамилия Суботенко — яркий пример того, как украинская модель фамилии закрепилась в русском контексте. Она относится к распространённому типу фамилий на -енко, который в украинской ономастике означает «маленький» или «сын такого-то». То есть Суботенко — буквально «сын Суботы» или «потомок Суботы».

В основе фамилии лежит прозвище Субота. На первый взгляд, всё просто: человека могли назвать по дню недели, в который он родился. Суббота в славянской традиции была днём, завершающим неделю, и такое имя-прозвище давали, чтобы отметить особенность появления ребёнка на свет. Однако у этого прозвища есть и другое, более глубокое значение. В народной культуре «субота» — это не только день, но и поминальный обряд, день памяти предков. Поэтому прозвище Субота мог получить человек, родившийся в родительскую субботу, или же тот, кто занимался поминальными обрядами, — например, церковный служка или нищий, которого кормили в эти дни. В некоторых говорах «суботником» называли работника, который отрабатывал долг в субботу, так что прозвище могло указывать на социальный статус или род занятий.

Суффикс -енко указывает на то, что формирование фамилии происходило на украинских землях, в основном в левобережной и центральной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина). В XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне массово обзаводились фамилиями, модель на -енко была самой продуктивной. Она вытеснила более старые формы на -ович/-евич. Таким образом, Суботенко — фамилия не древняя, а относительно поздняя, казацкой эпохи.

В письменных источниках фамилия встречается с XVIII века. Например, в реестрах Гадячского полка (территория современной Полтавской области) упоминаются казаки с прозвищем Субота, от которых и пошли Суботенки. В XIX веке фамилия распространилась и в южнорусские губернии, особенно в те, что граничили с Украиной: Воронежскую, Курскую, область Войска Донского. Там написание могло колебаться: встречаются варианты Субботенко (с удвоенной «б»), что связано с влиянием церковнославянского написания слова «суббота».

Однокоренные фамилии — Субботин, Субботинский, Суббота — указывают на ту же основу, но с разными суффиксами, характерными для других регионов. Суботенко — однозначно украинская по форме, но её носители сейчас живут не только на Украине, но и в России, особенно в южных областях, а также среди потомков переселенцев в Сибири и на Дальнем Востоке.