Фамилия Суботовский — яркий пример того, как географическое название или прозвище превратилось в родовое имя благодаря польско-украинской модели образования. В основе лежит корень «субот-», который восходит к слову «субота» (суббота). Носитель такой фамилии мог быть либо уроженцем населённого пункта с похожим названием, либо человеком, чем-то связанным с субботним днём — например, родившимся или крещёным в субботу.

Суффикс «-овский» (в польском варианте «-owski») указывает на шляхетское или мещанское происхождение на землях Речи Посполитой. В отличие от простых русских фамилий на «-ов» или «-ин», окончание «-ский» часто получали дворяне и духовенство. Поэтому Суботовский — фамилия скорее западного, польско-украинско-белорусского ареала. Если предки были православными, фамилию могли записать как Субботовский (с двумя «б»), но форма с одним «б» — Суботовский — характерна для украинской традиции, где в слове «субота» пишется одна буква «б».

Географическая версия самая прозрачная. На карте Украины и Беларуси есть несколько сёл с названием Суботов (или Субботов), самое известное — Суботов в Черкасской области, связанное с гетманом Богданом Хмельницким. Житель такого села получал прозвище Суботовский, то есть «прибывший из Суботова». Со временем прозвище закрепилось за детьми и внуками как фамилия. Вторая версия — прозвищная: в старину «суботником» или «суботовским» могли назвать человека, который соблюдал субботу как день отдыха, или того, кто родился в субботу, — на Руси такие имена-прозвища (Понедельников, Субботин) были распространены.

В социальном плане фамилия Суботовский не указывает на конкретное сословие. Она могла принадлежать и казацкой старшине, и мелкой шляхте, и крестьянам, которые получили фамилию по месту жительства при переписях XIX века. Встречается она и в России, но чаще всего — в западных областях, что подтверждает её западнорусские корни.