Фамилия Суботко звучит скорее по-украински или по-белорусски, чем по-великорусски. Указание на это — суффикс -ко, который в восточнославянских фамилиях часто выполнял роль уменьшительного или принадлежного форманта. Если бы фамилия формировалась в центральной России, она, скорее всего, выглядела бы как Субботин или Субботников. Форма на -ко выдает юго-западное происхождение — с территорий современной Украины или Беларуси, где такие модели фамилий (Ткаченко, Бондаренко, Шевченко) стали массовыми уже в XVI–XVII веках.

В основе фамилии лежит церковное имя Суббота или, что вероятнее, мирское прозвище Суббота. В народной среде детей, родившихся в субботу, нередко называли соответствующим днём недели — это была распространенная дохристианская практика, сохранявшаяся и после крещения Руси. Имя Суббота (в форме Соботка) фиксируется в древних польских и украинских документах. Со временем от этого имени через патронимический суффикс -ко (указывающий на «сына» или «потомка») и возникла фамилия Суботко: буквально «Субботин сын» или «маленький Суббота».

Есть и вторая, менее очевидная, но возможная версия. В некоторых говорах «суботкой» могли называть не человека, а предмет — например, особую меру сыпучих тел или вид одежды. Однако эта гипотеза не имеет массовой поддержки в ономастике, и связь с днём недели остаётся основной. Фамилия не имеет отношения к еврейской субботе (шаббату) — это чисто славянское имя, которое давали православным детям вне зависимости от этнической принадлежности.

Географически фамилия Суботко чаще всего встречается в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина, Житомирщина) и в южной Беларуси (Брестская, Гомельская области). В России она редка и, как правило, указывает на переселенцев с этих территорий. Сословного барьера у фамилии не было — её могли носить и крестьяне, и казаки, и мещане, поскольку имя Суббота было распространено во всех слоях, кроме высшей аристократии, предпочитавшей полные календарные имена.