Фамилия Субботникова — женская форма фамилии Субботников, и её происхождение напрямую связано с церковным календарём и бытовыми прозвищами. Основа — слово «суббота», которое в славянской традиции имело особое значение. В отличие от многих фамилий, образованных от крестильных имён (Иван, Пётр), Субботников восходит к имени-прозвищу Суббота. Так в дохристианской и раннехристианской Руси могли назвать ребёнка, родившегося в субботу — день, считавшийся у славян сакральным и связанным с поминовением предков.

Суффикс -ник- в основе — редкий и показательный. Он не просто указывает на принадлежность («сын Субботы»), а добавляет оттенок занятия или характерной черты. Субботником в народе называли не только того, кто родился в субботу, но и человека, который соблюдал субботний покой (особенно в старообрядческой среде) или же, напротив, работал в субботу — день, когда многие отдыхали. В ономастике есть параллели: Понедельников, Воскресенский — все они образованы от названий дней недели, но суффикс -ник- встречается реже, чем обычные -ов/-ев, что делает фамилию более поздней по времени формирования.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в северных или центральных губерниях России, где были сильны старообрядческие общины. В этих краях прозвище Суббота или Субботник могло закрепиться за человеком, который отказывался работать по субботам, что вызывало удивление или насмешку у окружающих. Со временем прозвище перешло в фамилию, а суффикс -ов добавил стандартное указание на родство: Субботников — «сын Субботника». Женская форма Субботникова закрепилась в официальных документах в XIX веке, когда фамилии стали передаваться по мужской линии.

Однокоренные фамилии — Субботин, Суббота, Субботкин. Субботин встречается гораздо чаще и считается более древней, «именинной» фамилией (от имени Суббота). Субботникова же — редкий вариант, который указывает не столько на дату рождения, сколько на социальную или религиозную особенность предка. Если ваш предок носил эту фамилию, он, скорее всего, происходил из среды крестьян или мещан, где подобные прозвища были живы и понятны.