Фамилия Суханенков — нечастая, но прозрачная по происхождению. В её основе лежит имя или прозвище Сухан, а суффикс -енков указывает на восточноукраинское или южнорусское происхождение. Если бы фамилия была Суханов, её бы образовали напрямую от прозвища Сухан через суффикс -ов. Но форма Суханенков следует другой модели: сначала от Сухана образовали уменьшительное Суханенко (в украинской традиции «сын Сухана»), а затем, при переносе в русскую среду, к нему добавили ещё один суффикс -ов, чтобы фамилия звучала по-великорусски. Такая двойная суффиксация характерна для фамилий, которые формировались на стыке культур, особенно в районах Слобожанщины, Курской, Воронежской губерний, где украинское население веками соседствовало с русским.

Само прозвище Сухан, скорее всего, связано со словом «сухой». В древнерусском языке так могли называть худощавого, высокого и сухопарого человека, либо того, кто был скуп на эмоции, «сухой» в общении. Реже прозвище давали по посту — человеку, который соблюдал сухоядение, или по роду занятий: например, рыбак, торговавший вяленой (сухой) рыбой. Встречается и версия, что Сухан — это сокращённая форма от имени Сусанна (библейское имя, означающее «лилия»), но для мужской фамилии это маловероятно, хотя в крестьянской среде случалось и такое, когда сына называли в честь матери или бабки, усекая имя.

Фамилия Суханенков не принадлежала дворянству — это типичная крестьянская или мещанская фамилия. Её носители, скорее всего, были вольными хлебопашцами или однодворцами на южных рубежах России. По переписям XIX века Суханенковы встречаются в Курской, Харьковской и Воронежской губерниях, что подтверждает её «пограничное» происхождение. Сегодня фамилия остаётся редкой, но её форма — живое напоминание о том, как украинская уменьшительная модель прижилась в русской фамильной системе.