Фамилия Таботин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типовой суффикс -ин (который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — сын Таботы) и посмотреть на основу «Табот-». Здесь нет однозначного слова из современного литературного языка, поэтому приходится выбирать между несколькими версиями.

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение. В русских говорах, особенно на северо-западе и в Сибири, «табота» или «табот» могли называть человека медлительного, неповоротливого, либо, наоборот, суетливого и неспокойного (диалектное значение колеблется). Слово это, скорее всего, звукоподражательное, связанное с топотом, стуком или бормотанием — отсюда глагол «таботить» (говорить невнятно, бормотать). Человек с таким прозвищем выделялся манерой речи или походкой.

Вторая, менее очевидная версия — топонимическая. Фамилия могла возникнуть от названия населённого пункта вроде Таботино или Таботы. Такие названия встречаются в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае, где «табот» иногда обозначал лесную сторожку или временное жильё (из финно-угорских языков). В этом случае предок Таботина — выходец из такого места, «таботинский» крестьянин.

Суффикс -ин указывает на то, что фамилия формировалась в среде, где преобладала модель отчества или прозвища на -а/-я. Это типично для северных и центральных областей России, а также для Поволжья. Сословно Таботины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — в дворянских родословных книгах фамилия не встречается.

Поскольку корень тёмный, а фамилия редкая, не стоит исключать и искажение при переписи: могла произойти замена звуков (например, «Тоботин» через «аканье» превратился в «Таботин») или переосмысление более старого прозвища. Точную этимологию можно было бы установить только по архивным записям конкретной семьи.