Фамилия Таркоева — редкий случай, когда географический корень просматривается почти безошибочно. Её основа, «Тарко», с большой вероятностью восходит к названию реки Тарко-Сале или самого села Тарко-Сале в Ямало-Ненецком автономном округе. В переводе с ненецкого «Тарко» означает «мыс», а «Сале» — «мыс» же, то есть название двусмысленно-усилительное, вроде «мыс-мыс». Фамилия, скорее всего, указывает на выходца из этих мест — человека, которого в другой местности прозвали по месту прежнего жительства: «Таркой» или «Тарко».

Суффикс «-ев» (вместо более привычного «-ов») здесь не случаен. В русской ономастике суффикс «-ев» присоединяется к основам на мягкий согласный или на «-й». Если исходное прозвище звучало как «Таркой» (житель Тарко), то фамилия закономерно превратилась в Таркоев, а женская форма — Таркоева. Мужской вариант фамилии — Таркоев — тоже бытует, но именно «Таркоева» как женская форма встречается в документах чаще, что может говорить о том, что фамилия закрепилась через мать или вдову.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с осетинским именем Тарко (вариант имени Тариел или Таймураз) или с тюркским словом «тарк» (разбрасывать, рассеивать). Однако осетинские фамилии обычно оканчиваются на «-ты» или «-æ», а тюркские прозвища в русской среде давали бы форму «Тарков». Географическая привязка к Ямалу выглядит куда убедительнее — она объясняет и редкость фамилии, и её необычный звуковой облик.

Фамилия Таркоева не относится к дворянским или старинным московским. Это поздняя, по сути, фамилия-топоним, возникшая не раньше XIX века, когда крестьяне и промысловики с Севера получали паспорта и прописку. Носители фамилии сегодня рассеяны по России, но наибольшая концентрация — в Тюменской области и Ханты-Мансийском автономном округе, что косвенно подтверждает северное происхождение.