Фамилия Тоницкий — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от распространённых фамилий на -ов или -ин, суффикс -цкий сразу указывает на географическую или топонимическую основу: такую форму обычно получали выходцы из конкретного места. В основе фамилии лежит название населённого пункта — скорее всего, Тоницы или Тоничи, которых на карте бывшей Речи Посполитой и Российской империи было несколько. Например, известны Тоницы в бывшей Гродненской губернии и Тоничи на территории современной Беларуси. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвание «Тоницкий» — то есть «из Тониц».

Корень «тон-» в славянской топонимике чаще всего связан с гидронимом — названием реки или ручья. В ряде случаев это может быть река Тонь или Тона, но возможна и связь с диалектным словом «тонь» — в некоторых говорах так называли тонкое, топкое место, болотистую низину. Если поселение стояло на такой почве, название закреплялось за ним, а затем и за жителями. Менее вероятна, но допустима версия от личного имени Тоня (уменьшительная форма от Антон) с последующим оформлением через суффикс -ицк-, но такая модель нетипична для русской ономастики: фамилии от имени Антон обычно давали через -ов или -ин (Тонин, Антонов).

Фамилия Тоницкий — польского или западнорусского происхождения, что подтверждается суффиксом -цкий, характерным для шляхетских фамилий в Речи Посполитой. Однако носителями её могли быть не только дворяне, но и крестьяне или мещане, получившие фамилию по месту рождения после отмены крепостного права в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах Тоницкие встречаются в Могилёвской, Витебской и Смоленской губерниях — как раз в зоне белорусско-русского пограничья.

В современной России фамилия остаётся малочисленной. Её носители живут в основном в центральных и западных областях, а также в Москве и Санкт-Петербурге — результат миграций XX века. Фамилия не имеет однозначной дворянской фиксации в родословных книгах, поэтому большинство Тоницких — потомки крестьян или мещан, чьи предки когда-то ушли из маленькой деревни Тоницы.